В 1 сезоне сериала «Агенты «Щ.И.Т.» в центре сюжета оказываются Фил Колсон и сотрудники его команды. Они пытаются разгадать ряд опасных и таинственных происшествий, которые связаны с проектом «Сороконожка», а также пытаются выяснить обстоятельства чудесного воскрешения Колсона, погибшего в «Мстителях». В основном события сериала разворачиваются в Автобусе — усовершенствованном самолете Boeing C-17. Агентам предстоит пройти немало испытаний, в том числе столкнуться с предательством коллег.